Свою освітню діяльність з підготовки фахівців для потреб, насамперед, Держспецзв’язку, а також інших центральних органів виконавчої влади, військових формувань і правоохоронних органів, Інститут розпочав 1 січня 2007 року. Однак його передісторія починається з липня 1969 року, коли у Київському вищому військовому інженерному училищі зв’язку імені М.І. Калініна (далі – КВВІУЗ) у складі кафедри №10 була створена відповідна предметно-методична комісія та розпочалась підготовка інженерних кадрів для системи урядового зв’язку за замовленням колишнього КДБ СРСР.

У 1972 році в КВВІУЗ пройшов перший випуск лейтенантів-інженерів із експлуатації та ремонту засобів криптографічного захисту урядового зв’язку, які були підготовлені цією предметно-методичною комісією. За час свого існування (понад 20 років) кафедра № 10 КВВІУЗ та її предметно-методична комісія з техніки урядового зв’язку зробили вагомий внесок у методику викладання спеціальних технічних дисциплін у сфері забезпечення криптографічного та технічного захисту інформації, заклали основи підготовки в Україні фахівців з повною вищою освітою в галузі спеціальних інформаційно-телекомунікаційних систем і захисту інформації.

Враховуючи значний внесок кафедри № 10 у підготовку фахівців з урядового зв’язку та захисту інформації, у серпні 1992 року, при реформуванні КВВІУЗ у Київський військовий інститут управління і зв’язку (далі – КВІУЗ), на базі кафедри № 10 і курсантських підрозділів факультету № 2 КВВІУЗ був утворений факультет № 6 КВІУЗ, який увійшов до своєї майже 10-річної історії під основною назвою “Безпеки інформації”, хоча деякий час мав назву “Спеціального зв’язку”, а з 1 вересня по 31 грудня 2001 року – “Підготовки фахівців для Служби безпеки України”. Факультет “Безпеки інформації” КВІУЗ складався з курсантських підрозділів, навчальної частини і трьох кафедр. Хоча факультет був підпорядкований Міністерству оборони України, його курсантські підрозділи були сформовані таким чином, що на кожному курсі більше 70% курсантів навчалися за замовленням Служби безпеки України (далі – СБУ), а решта – для інших військових формувань і правоохоронних органів держави.

Підготовка офіцерських кадрів на факультеті здійснювалась спочатку за спеціальністю 7.092405 “Захист інформації в телекомунікаційних системах” напряму підготовки “Телекомунікації”, а з 1998 року – за спеціальністю 7.092482 “Безпека інформації в спеціальних інформаційних системах”. Ці спеціальності підготовки фахівців повністю відповідали вимогам замовника (на той час – Головного управління урядового зв’язку СБУ) з підготовки фахівців для державної системи урядового зв’язку України та успадкували традиції колишньої предметно-методичної комісії з техніки урядового зв’язку кафедри № 10 КВВІУЗ. За майже 10 років свого існування факультет “Безпеки інформації” КВІУЗ підготував більше півтисячі офіцерів СБУ, які набули в його стінах знань в галузі забезпечення захисту державних інформаційних ресурсів у мережах передачі даних, криптографічного та технічного захисту інформації, забезпечення посадових осіб органів державної влади спеціальними видами зв’язку.

За цей час на факультеті також було підготовлено сотні фахівців з криптографічного та технічного захисту інформації для інших військових формувань України. Постановою Кабінету Міністрів України від 22 березня 2001 року № 269 з метою подальшого вдосконалення підготовки офіцерських кадрів для СБУ одночасно зі створенням Військового інституту телекомунікацій та інформатизації (далі – ВІТІ) НТУУ “КПІ” було прийняте рішення про створення у його складі спеціального факультету СБУ, який підпорядковувався Департаменту спеціальних телекомунікаційних систем і захисту інформації (далі – ДСТСЗІ) СБУ, що забезпечував його фінансове, технічне та інші види забезпечення.

У червні 2001 року спільним наказом Міністерства освіти і науки України, Міністерства оборони України та Служби безпеки України №421/164/145 було визначено, що спеціальний факультет СБУ створюється у складі ВІТІ НТУУ “КПІ” на базі факультету “Безпеки інформації” КВІУЗ. З 1 січня 2002 року спеціальний факультет СБУ розпочав освітню діяльність.

За досягнуті успіхи в підготовці кадрів для СБУ 1 березня 2003 року за рішенням Голови Служби безпеки України спеціальному факультету СБУ було вручено Службовий прапор як символ окремого навчального підрозділу Служби. У його складі було створено п’ять спеціальних кафедр, науково-дослідна лабораторія, навчальний відділ, інші відділи та служби, що дозволяли йому незалежно від ВІТІ НТУУ “КПІ” забезпечувати навчальний процес, виховання соціально зрілих, морально і фізично здорових, відповідальних за долю суспільства й держави висококваліфікованих співробітників СБУ.

За 5 років свого існування спеціальний факультет СБУ підготував сотні молодих офіцерів, які на високому професійному рівні забезпечували інформаційну безпеку держави в підрозділах Служби безпеки України та Служби зовнішньої розвідки України. 1 січня 2007 року у зв’язку зі створенням на базі ліквідованого ДСТСЗІ СБУ центрального органу виконавчої влади – Державної служби спеціального зв’язку та захисту інформації України і відповідно до розпорядження Кабінету Міністрів України від 27 грудня 2006 року № 658-р на базі спеціального факультету СБУ було утворено заклад освіти Держспецзв’язку – Інститут спеціального зв’язку та захисту інформації Національного технічного університету України “Київський політехнічний інститут”. Особливості функціонування Інституту у складі НТУУ “КПІ” було визначено у спільному наказі Держспецзв’язку та Міністерства освіти і науки України від 20 березня 2007 року № 31/217 – з питань організації освітньої діяльності Інститут підпорядковується ректору НТУУ “КПІ”, а з питань проходження особовим складом Інституту служби, його матеріально-технічного, фінансового, медичного забезпечення – Адміністрації Держспецзв’язку.

У 2016 році наказом Міністерства освіти і науки України від 17 серпня 2016 року № 992 “Про присвоєння імені Національному технічному університету України “Київський політехнічний інститут“ Національний технічний університет України “Київський політехнічний інститут“ було перейменовано на честь видатного авіаконструктора ХХ століття Ігоря Сікорського. Інститут спеціального зв’язку та захисту інформації Національного технічного університету України “Київський політехнічний інститут“, як військовий навчальний підрозділ закладу вищої освіти, відповідно до наказу Адміністрації Держспецзв’язку від 29 вересня 2016 року № 601 “Про затвердження Статуту Інституту спеціального зв’язку та захисту інформації Національного технічного університету України “Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського” також було перейменовано: офіційне найменування закладу – Інститут спеціального зв’язку та захисту інформації Національного технічного університету України “Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського”, а скорочене найменування – ІСЗЗІ КПІ ім. Ігоря Сікорського.